- 生徒会執行 編【第1箱 - 第21箱】
- 文武両道・容姿端麗・質実剛健・才色兼備・有言実行……の完璧超人である箱庭学園の1年生、黒神めだか(CV: 豊崎愛生)。彼女は入学したてでありながらも、生徒会長選挙で大言壮語を放った結果、98%の支持率を得て箱庭学園第98代生徒会長となる。選挙戦での公約通り「目安箱」を設置し、その投書に書かれた案件を幼馴染の人吉善吉(CV: 小野友樹)と共に解決していく。学園内で生徒たちのトラブルを解決していくにつれて次第に好評を博した目安箱は、いつしか「めだかボックス」と呼ばれるようになる。最初は2人だけだった生徒会も、案件を解決していくうちに、柔道界のプリンス:阿久根高貴(CV: 浪川大輔)、競泳部の守銭奴・喜界島もがな(CV: 茅野愛衣)といった個性豊かなメンバーが揃う。
- 十三組の十三人 編【第22箱 - 第55箱】
- 箱庭学園理事長が秘密裏に推し進める「フラスコ計画」なる非人道的な陰謀が発覚。「天才を人為的に生産する」という壮大な目的のもと、「十三組の十三人(サーティン・パーティ)」と呼ばれる異常(アブノーマル)の特待生達が本格的に活動を始め、彼らの本拠地である時計台地下の施設を視察することとなる。
- 球磨川事件 編【第56箱 - 第92箱】
- 時計台地下施設の視察の直後、理事長の独断により過負荷(マイナス)の転校生により形成されるクラス「-十三組(マイナスじゅうさんくみ)」が新設される。めだかと中学時代から因縁があり、過負荷達のリーダー格である「負完全」球磨川禊が現生徒会にリコールを宣言したことで生徒会戦挙が勃発する。
- 黒神めだかの後継者 編【第93箱 - 140箱】
- フラスコ計画の立案者である「悪平等(ノットイコール)」安心院なじみが転校してきて、めだかが凍結したフラスコ計画をめだかの卒業後に再開することを宣言。それに対抗するため、生徒会執行部主催の次世代育成プログラムを立ち上げ、黒神めだかの後継者を育てることを開始する。後継者育成のさなか、あることがきっかけでめだかと善吉が対立、生徒会選挙にて争うことに。
- 漆黒の花嫁衣裳 編【第141箱 - 第158箱】
- 生徒会長の座を退いためだかの前に月氷会の人間が表れ、7つの分家の代表である7人の婚約者からめだかの結婚相手を決める醜悪なる宴「漆黒宴」の開催を告げる。過去の漆黒宴で婚約者候補が全員何者かに殺されていることから、自らが勝利することで漆黒宴を叩き潰そうと、鶴喰家代表の鶴喰鴎と箱庭学園のジョーカーズ、不知火半袖(CV: 加藤英美里)・球磨川禊・安心院なじみ・不知火半纏らを引き連れ、漆黒宴に名乗りを上げる。
- 不知火知不 編【第159箱 - 第185箱】
- 漆黒宴終了後、学園に戻っためだか達だったが、学園内の「不知火半袖が通っていた記録と記憶」が「なかったこと」にされてしまっていた。学園内の誰もが半袖のことを覚えていない中、異変に気付き半袖のことを覚えていためだかは、同じく半袖のことを覚えていた人吉善吉・球磨川禊・安心院なじみと共に不知火家の総本山「不知火の里」へと向かう。
- グッドルーザー球磨川【外伝】
- 球磨川禊が箱庭学園へ転校してくる前にいた「水槽学園」での物語。球磨川が水槽学園に転入してから、生徒会長に就任するまでの経緯が描かれる。
- 久々原滅私の腑抜けた君臨または啝ノ浦さなぎの足蹴による投票【小説版第1弾 上巻】
- 黒神めだかが箱庭学園に入学した直後から生徒会選挙へ立候補するまでの物語。
- 朳理知戯のおしとやかな面従または椋枝閾の杯盤狼籍マニフェスト【小説版第1弾 下巻】
- 生徒会選挙へ立候補しようとするめだかと、それを阻止しようとする教師達の物語。
- グッドルーザー球磨川 水槽に蠢く脳だらけ【小説版第2弾 上巻】
- 「グッドルーザー球磨川」の続編。水槽学園の生徒会長となった球磨川を水槽学園から追い出すべく、安心院なじみは自身の端末である鉄砲撃と箞木盟を差し向け、ゲームを始める。
- グッドルーザー球磨川 水槽管理のツークツワンク【小説版第2弾 下巻】
- 「グッドルーザー球磨川」の続編。安心院ゲームの第1ステージをクリアした球磨川は、安心院なじみの端末で新たな刺客、焼石櫛と隠蓑済・既姉妹と対峙する。
- 黒神めだかがいなくても!【テレビアニメ版 第12箱】
- 西尾維新脚本・暁月あきらキャラクターデザインによる、テレビアニメオリジナルストーリー。
- 「生徒会執行編」と「十三組の十三人編」の間である、黒神めだかが雲仙冥利(CV: 朴璐美)との闘いの結果として入院していた時のエピソード。めだかを欠く生徒会が、新たに目安箱に投書された問題を解決するために奮闘する。
- グッドルーザー球磨川 生徒会を死刑執行する【テレビアニメ版第2期 第マイナス12槽】
- 西尾維新脚本・暁月あきらキャラクターデザインによる、テレビアニメオリジナルストーリー。
- 「グッドルーザー球磨川」の続編。時間軸的には小説版よりも後のストーリーになる。とある事情から休学していた生徒・画図町筆が起こす騒動を、水槽学園生徒会長の球磨川は自らのスキルを駆使して解決していく。