- ジョーカー・ゲーム
- 昭和12年秋、陸軍中枢部の多数の反対意見を押しのけて、結城中佐(CV: 堀内賢雄)の提案でスパイ養成学校「D機関」が設立された。訓練生たちは互いの素性を知らないまま様々な訓練を受け、やがて優秀なスパイへと成長していく。参謀本部から監視役として派遣されていた佐久間中尉(CV: 関智一)は、訓練生たちを「怪物」と評した。
- 昭和14年、佐久間は参謀本部の武藤大佐(CV: 玄田哲章)の命令で、D機関の訓練生たちと共にスパイ疑惑のあるアメリカ人ジョン・ゴードンの自宅を捜索することになった。佐久間たちは憲兵隊に偽装して捜索を始めるが、ゴードンが全く抵抗しないことに疑念を抱く。そして、ゴードンが「二度目の捜索」と口走ったため、佐久間は武藤の命令の意図を理解した。武藤は既に一度捜索に失敗しており、その失敗を有耶無耶にするためにD機関に二度目の捜索を命令し、失敗の責任を押し付けてD機関を解体しようとしていた。
- しかし、訓練生たちがゴードンが盗み出し、隠していた暗号表をいとも簡単に見つけたため、武藤の企みは失敗してしまう。さらに佐久間は、武藤が捜索の一件を外部に漏らしていたことを突き止め、D機関への介入を止めさせ、参謀本部から多額の予算を手に入れることに成功した。その手腕を見た結城は佐久間をD機関に誘うが、「自分はスパイには向いていない」と断り、立ち去る結城の背を見送った。
- 幽霊(ゴースト)
- 横浜で、紀元二千六百年記念行事を狙った爆弾テロ計画が発覚し、憲兵隊が捜査に着手した。捜査の結果、テロ計画メンバーの連絡場所に英国総領事のアーネスト・グラハムが頻繁に出入りしていることが確認された。憲兵隊はグラハムを逮捕しようとするが、誤認逮捕だった場合の日英関係悪化を懸念した参謀本部から捜査の延期を命令され、代わりにD機関が捜査を担当することになった。
- 訓練生の蒲生次郎(CV: 津田健次郎)はグラハムに接触し捜査を始めるが、不審な点は一切見付からなかった。しかし、テロ計画メンバーの連絡場所からは英国総領事館の物品が押収されており、グラハムが関与している可能性は払拭出来なかった。さらに、参謀本部の命令を無視した憲兵隊がグラハムの近辺に出没するようになったため、蒲生は総領事公邸への潜入を試みる。
- 深夜、総領事公邸の書斎に潜入した蒲生は隠し金庫からグラハムの手帳を見つけ出すが、グラハムが過去に行った犯罪行為の記録こそ書かれているが、爆弾テロに関する記述は一切なかった。これ以上の証拠は見付けられないと判断した蒲生は書斎を出ようとするが、結城の「完全な調査はない」という言葉を思い出し、それをきっかけにテロ計画の全容を明らかにした。爆弾テロの首謀者は総領事館に務める中国人たちであり、グラハムは情報の運び屋として知らずに利用されていただけだった。
- グラハムの容疑が晴れ、蒲生はグラハムと別れることになった。その際、グラハムは「"夜の書斎で幽霊を見た"という妻の懇願を受け本国に戻ることになった」と告げた。
- ロビンソン
- D機関の井沢和男は情報収集のためロンドンに潜入していたが、新米外交官がセックス・スパイに籠絡され井沢の正体を話してしまったため、英国諜報機関のハワード・マークス中佐に捕まってしまう。井沢は訓練通りの尋問対処を実践し、二重スパイに志願した。マークスは井沢を疑い自白剤を投与し本性を探ろうとするが、自白剤を投与された井沢が「結城に売られた」と叫び出したのを聞き、井沢が本心で二重スパイを志願したと判断し、日本への偽情報を発信するように指示した。しかし、その事も訓練には含まれており、井沢は偽情報の発信と共に自身が捕らわれていることをD機関に伝えることに成功する。
- 井沢は隙を突き脱出を試みるが、マークスの罠にかかり追い詰められてしまう。しかし、井沢は英国諜報機関に潜入していたスリーパーに助けられ、脱出に成功した。手筈通りの場所に向かうとD機関の協力者が待っており、井沢は次の任地であるヨーロッパに向かった。井沢は移動中の車の中で、結城から受け取った『ロビンソン・クルーソー』に登場する「フライデー」という人物のことを思い出していた。それは、スリーパーの暗号名だった。
- 事件の真相は、防諜対策を疎かにする外務省への警告と最新式の暗号機を導入するために伊沢が捕まり、脱出することを結城が企図したものだった。
- 魔都
- 上海憲兵隊に配属となった元特高刑事の本間英司軍曹は、上官の及川政幸大尉から「憲兵隊内部の内通者を探れ」と命令される。その通達の最中に及川の自宅が爆破されるという事件が発生し、本間は内通者による警告だと感じた。捜査の最中、特高時代に逮捕した塩塚朔に再会し、友人の草薙友仁がD機関のメンバーになっていることを聞かされた。さらに、D機関が青幇と手を組み中国経済を混乱させようとしていることも聞かされた。卑怯なやり方で戦争を有利に運ぼうとするD機関に対し、本間は嫌悪感を覚えた。
- その夜、捜査のため上海の歓楽街に向かった本間は草薙と出くわし尾行を始める。草薙は一軒のダンスホールに入り、その奥にある部屋に入った。本間も後に続こうとするが、ガードマンに制止されてしまう。しかし、本間がポケットから取り出した身に覚えのないコインを見たガードマンは、本間を部屋に通した。部屋の中は違法賭博場となっており、本間は草薙を探すが見付けることが出来なかった。その代わり、本間は違法賭博に明け暮れる及川の姿を目にした。
- 数日後、本間は及川が憲兵隊の押収したアヘンを横流ししていたことを突き止めた。さらに、そのことに気付いた宮田伸照伍長を賭博場の少年に殺害させ、その少年も口封じに殺害していたことを知る。本間は及川に事実の公表を求め、逃げられないと判断した及川はそれを承諾した。しかし、そこに共犯者の吉野豊上等兵が現れ、恋仲だった少年を殺された怒りから及川を射殺し、吉野もその場で自殺してしまった。後に残された本間は、事態の処理に苦慮し、その場に立ち尽くした。
- 実は本間が出会った塩塚はD機関の変装で、草薙と同一人物だったのであった。
- XX(ダブルクロス)
- 陸軍からD機関にスカウトされた飛崎弘行は、卒業試験としてナチス・ドイツとソ連の二重スパイだったカール・シュナイダーの調査を任された。しかし、調査の途中にシュナイダーは何者かに殺害されてしまった。
- 結城は他の訓練生たちに事件の調査を指示し、飛崎にはシュナイダーの恋人だった野上百合子の調査を指示した。シュナイダーが殺害された日の百合子のアリバイは完璧だったため、飛崎は結城の指示を不審に思った。しかし、百合子の供述に矛盾があることに気付いた飛崎が詳しく調査を進めた結果、シュナイダーを殺害したのは百合子だったことを突き止めた。百合子は、シュナイダーが親友の安原ミヨコと浮気していたことに怒り殺害したと自供した。
- 飛崎は、百合子が親代わりに自分を育ててくれた女性に似ていたため判断を誤ったことを結城に指摘され、感情を完全に捨て去った他の訓練生との差を思い知らされた。飛崎は任務の終了と同時にD機関を辞め陸軍への復帰願いを提出した。陸軍は口封じの意味を込め、飛崎を最前線の部隊に配属させた。結城からの敬礼で見送られた飛崎は、D機関を後にし陸軍へと戻った。