- アインクラッド
- 第1章。収録巻:第1・2巻(黒の剣士/心の温度/朝露の少女/赤鼻のトナカイ)、第8巻(圏内事件/はじまりの日)
- 2022年、とある大手電子機器メーカーが仮想空間への接続機器《ナーヴギア》を開発したことで、世界は遂に完全なるバーチャルリアリティを実現させた。この《ナーヴギア》対応の初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン(SAO)》は大人気の内に完売し、接続した1万人のユーザーがその世界を楽しむはずだった。
- しかし、SAOへダイブした少年キリト(CV: 松岡禎丞)こと桐ヶ谷和人(CV: 松岡禎丞)をはじめとしたプレイヤーたちは、ゲームマスター(GM)から恐るべき託宣を聞かされる。SAOからの自発的ログアウトは不可能であること、SAOの舞台《浮遊城アインクラッド》の最上部第100層のボスを倒してゲームをクリアすることだけがこの世界から脱出する唯一の方法であること、そしてこの世界で死亡した場合は現実世界のプレイヤー自身が本当に死亡するということを。
- ゲームクリアのためにプレイヤーたちは動き出すが、モンスター戦の敗北や現状に絶望した者たちによる自殺などにより、開始から1か月で2000人が死亡。ゲーム攻略は困難を極めた。
- そして2年後。《アインクラッド》の最前線は第74層、プレイヤーの数は6000人ほどにまで減っていた。
- フェアリィ・ダンス
- 第2章。収録巻:第3・4巻
- SAOがクリアされて約2か月が経過した2025年1月。和人は現実世界への帰還を果たした。
- しかし、和人がSAOで心を通わせた少女アスナ(CV: 戸松遥)こと結城明日奈(CV: 戸松遥)は帰還していなかった。また、300人ものSAOプレイヤーが意識を失ったまま眠り続けており、初期化されるはずのSAOサーバーも不可解な稼動を続けているという。
- 病院のベッドで眠り続ける明日奈に何もしてやれず自らの無力感に苛まれる中、和人はアスナらしき人物がハイスペックVRMMORPG《アルヴヘイム・オンライン(ALO)》の中で目撃されたという情報を得る。真実を確かめるために再び仮想世界へダイブした和人は、かつてSAOで共に暮らした「娘」のユイ(CV: 伊藤かな恵)やALOへのダイブ直後にひょんなことから出会った剣士のリーファ(CV: 竹達彩奈)と共に、アスナが目撃されたというALOの中心《世界樹》を目指す。
- ファントム・バレット
- 第3章。収録巻:第5・6巻
- 2025年12月。戦いの果てに明日奈を助け出した和人は、かつての仲間たちと共にALOの世界を生きていた。
- そんなある日、和人はSAO事件で顔見知りとなった役人の菊岡から銃器世界《ガンゲイル・オンライン(GGO)》に出没した謎のプレイヤー《死銃(デス・ガン)》が関わるとされる連続変死事件の調査を依頼される。
- 真相を究明するべくGGOへダイブした和人は、ログイン直後に知り合った少女・シノンからGGOの世界についてのレクチャーを受けつつ、《死銃》との接触を図るべく最強のガンナーを決める大会バレット・オブ・バレッツ(BoB)へとエントリーすることになる。これまでと全く勝手の違う銃器世界での戦いに苦戦するキリトだったが、持ち前の反射神経とセンスを駆使しながら戦いを勝ち抜いていく。
- やがて一連の事件の真実に迫る中、キリトはかつての忌まわしき因縁と対峙することになる。
- マザーズ・ロザリオ
- 外伝。収録巻:第7巻
- この巻では和人の視点からのモノローグが無く、明日奈が主役として物語が進行するうえ、これまで断片的だった彼女のリアルの事情も語られている。
- 《死銃事件》が終わりを迎えて数週間後の2026年1月のある日。アスナはリズベット(CV: 高垣彩陽)たちから《絶剣》と呼ばれる凄腕の剣士がALOに現れた事を聞く。その剣士は自らの《オリジナル・ソードスキル(OSS)》を賭け、1対1の《デュエル》の相手を募集しているらしい。キリトすら破ったその腕に興味を持ったアスナは、自分も《絶剣》に勝負を挑むことを決める。
- 交流の末、《絶剣》ことユウキと親しくなったアスナは彼女がリーダーを務めるギルド《スリーピング・ナイツ》を紹介され、他のメンバーとも打ち解けていく。だが、ユウキにはある哀しい秘密が隠されていた。
- アーリー・アンド・レイト
- 外伝。収録巻:第8巻
- 本編を補完する短編集。
- アインクラッド編の2編(「圏内事件」〈2024年4月〉、「始まりの日」〈2022年11月〉)と、ファントム・バレット編とマザーズ・ロザリオ編の間を描いた「キャリバー」(2025年12月)が収録されている。
- アリシゼーション
- 第4章。収録巻:第9巻〜
- GGOで起きた《死銃事件》から半年が経った2026年6月。和人は菊岡からの紹介で、謎多きベンチャー企業《ラース》の開発した次世代フルダイブ実験機《ソウル・トランスレーター(STL)》のテストダイバーのアルバイトを行っていた。しかし和人は《ダイシー・カフェ》での談笑の帰りに《死銃事件》の実行犯最後の1人ジョニー・ブラックこと金本敦の襲撃を受け、薬剤注射による昏睡状態に陥ってしまう。
- 次に和人が目を覚ました時、眼前には現実世界と遜色ないクオリティを持ち、人間同然の豊かな感性を持つNPC達が住まう仮想世界《アンダーワールド》が広がっていた。ログアウト不可という旧SAOと同じ状況に陥る中、キリトは現実世界への道を求め、親しくなった少年・ユージオと共に世界の中心《セントラル・カセドラル》を目指すことになる。
- 一方、現実世界の和人は搬送先の病院から昏睡状態のまま連れ出され、行方不明になっていた。明日奈たちは和人の行方の手がかりを求め、藁をも掴む思いで茅場の恋人だった神代凛子にコンタクトを取る。