キリスト教、カソリック信仰者の聖地・バチカン市国。その中に、世界中から寄せられてくる『奇跡の申告』に対して厳密な調査を行い、真偽を判別する機関がある。その機関を『聖徒の座』と言い、そこに所属する神父を奇跡調査官と呼ぶ。天才科学者の平賀(CV: 岡本信彦)・ヨゼフ・庚(CV: 岡本信彦)と、良き相棒にして友人である古文書・暗号解読のエキスパート、ロベルト(CV: 諏訪部順一)・ニコラス(CV: 諏訪部順一)。美貌の天才神父コンビが、あらゆる『奇跡』を調査し、その裏側に隠された事件と陰謀を暴いていく。