第3使徒戦
旧北極のNERV基地「ベタニアベース」において、封印から目覚めた第3使徒に対しエヴァンゲリオン仮設5号機(搭乗者:真希波(CV: 坂本真綾)・マリ・イラストリアス(CV: 坂本真綾))が出撃。仮設5号機は、脚を失いつつも第3使徒を殲滅するが、使徒のコアを破壊した直後、マリを脱出させた上で自爆する。
第7使徒戦まで
(ここで舞台は日本に戻る) 父碇ゲンドウ(CV: 立木文彦)とともに碇ユイ(CV: 林原めぐみ)の墓参りに訪れた碇シンジ(CV: 緒方恵美)は、葛城ミサト(CV: 三石琴乃)の車で帰る途中、海上を歩行する第7使徒を目撃する。そこに、上空で輸送機から放たれたエヴァンゲリオン2号機(搭乗者:式波(CV: 宮村優子)・アスカ・ラングレー(CV: 宮村優子))が現れ、空中戦を繰り広げ難なく使徒を撃破する。
第8使徒戦まで
2号機とともに来日したアスカは、シンジと同じくミサトの家に同居し、同じ中学校に通うことになる。
ゲンドウと冬月コウゾウ(CV: 清川元夢)が建造中のEVANGELION Mark.06(6号機)の視察のためSEELEの月面基地「タブハベース」へ赴くが、二人が地上へ帰還する前に衛星軌道上に第8使徒が出現、NERV本部への落下攻撃がほぼ確実と判明する。代理の指揮権を持つミサトは、初号機(シンジ)・零号機(レイ)・2号機(アスカ)の3機のエヴァによる作戦を立案、実行に移す。落下地点に最初に辿り着いたのはシンジの乗る初号機で、続いて到着した零号機・2号機とともに使徒を倒した。シンジは作戦後ゲンドウから褒められたことに喜びを感じ、使徒を一人で倒せなかったことでプライドが傷ついたアスカも、シンジをパイロットとして認め次第に打ち解けていく。
第9使徒戦まで
NERVの北米第2支部で試験中のエヴァ4号機が支部を巻き添えに消滅したことを受けて、同じくアメリカで開発されていた3号機が急遽日本に移送されることになった。レイとアスカのいずれかをテストパイロットとする松代での3号機の起動実験が決定するが、起動実験の日と、レイがシンジとゲンドウの和解のため企画した食事会と重なっていることに気付いたアスカは、自らテストパイロットに志願する。
実験当日、アスカの乗った3号機の起動実験が開始されるが、3号機には使徒が侵入しており暴走、大爆発を起こす。ゲンドウはエヴァ3号機を第9使徒として処理することを決定、シンジの初号機のみを出撃させる。しかしシンジは3号機にまだアスカが乗っていることを知り、「アスカを殺すよりは(自分が殺されるほうが)良い」と戦闘を拒否したため、ゲンドウは初号機の制御をシンジからダミーシステムへ切り替えさせる。ダミーシステムに切り替えられた初号機は3号機を徹底的に破壊。シンジは必死に止めようとするも、初号機は使徒のコアを、アスカの乗ったエントリープラグごと噛み砕いた。
第10使徒戦まで
アスカは一命を取り留めたものの、精神汚染が疑われ、「貴重なサンプル体」として隔離される。シンジはパイロットを辞めることを望み、ミサトの家を出るが新たな使徒(第10使徒)の出現のためジオフロント内のシェルターへと避難させられる。マリが2号機に乗って単独で出撃し、ジオフロント内に侵入した第10使徒を迎撃。しかし第10使徒の強力なA.T.フィールドに阻まれ太刀打ちできず、2号機を獣化第2形態へと変形させ肉薄するが、返り討ちにあう。次にレイが零号機でN2航空誘導弾を抱えて自爆攻撃を仕掛けるが、使徒はコアを肋骨で防御し失敗する。2号機が倒れたすぐ先にいたシンジを、マリは2号機の手でシェルターから外に連れ出す。そこでシンジが見たものは、使徒がレイの乗る零号機を一瞬で捕食する光景であった。これを見たシンジはNERV本部へと走り、何故戻ったと問うゲンドウに、自分は初号機のパイロットであると答える。
零号機とレイを吸収した第10使徒は人型に変形、メインシャフトを降下しミサトらのいる第一発令所を襲撃する。そこにシンジが乗った初号機が現れジオフロント地表まで戻すことに成功するが、内部電源が切れ活動を停止してしまう。しかし、シンジの叫びとともに再起動し、初号機は「神に近いもの」へと変貌を遂げる(疑似シン化第1覚醒形態)。シンジはその力をもって使徒を圧倒し、使徒のコアからレイを救い出す。零号機のコアとレイ、そして形象崩壊した使徒をも取り込んだ初号機は、光の巨人(疑似シン化第2形態)となりサードインパクトが始まろうとするが、月面から飛来したMark.06(エヴァ6号機、搭乗者:渚カヲル(CV: 石田彰))が槍で初号機のコアを貫き、それを食い止めた。