時はまさに世紀末の1999年。長野市松代の皆神山頂にある私立ヴァルトシュタイン学院では、学長や生徒が日夜オカルト研究に明け暮れており、敷地内では怪奇現象もしばしば起こるため、周辺の人々は「オカルト学院」と呼んでいた。
同年7月某日。学院学長の神代純一郎(CV: 矢島正明)が急死する。学院葬の最中、現れたのは神代マヤ(CV: 日笠陽子)。学長の娘であるが、大のオカルト嫌いである彼女は父の死を機に、学院を廃校へ導くための画策を始めた。その同日、マヤは学院の上空から全裸で降臨してきた内田文明(CV: 水島大宙)と出会う。文明は、宇宙人の侵略を受けて滅亡に瀕した2012年の世界から歴史を変えるため、学院へタイムスリップしてきた超能力者であることをマヤに告げる。
やがて、マヤは父の遺した手帳から彼の死の理由を知る。そこには「私は長年研究していたノストラダムスの大予言を回避するアイテム・”ノストラダムスの鍵”を捜す事を善しとしない勢力によって命を狙われている──」と記されていた。
マヤは父を殺害した者を突き止めるため、文明は未来を変える”ノストラダムスの鍵”を見つけるために情報を交換するパートナーとなり、オカルト学院で巻き起こる様々な怪現象に立ち向かっていく。やがて、悪霊やUMAのモスマンやチュパカブラなど数々の怪現象を解決した2人は、それらの怪現象が黒魔女の美風の仕業であることを知る。白魔術師である教頭の千尋の力を借り、2人は美風を倒した。
戦いを終えた文明は未来へ帰る準備に入るが、そこへ未来の仲間からまだ未来が変わっていないという連絡が入る。そして、ふとしたことによって2012年の文明が1999年の文明と邂逅した瞬間、時空に歪みが発生し、彼らの上空から宇宙人が襲来した。文明こそが、”ノストラダムスの鍵”だったのだ。しかし、1999年の文明との接触により超能力を取り戻した2012年の文明は1999年の文明をマヤに託すと、自らもろとも宇宙人を撃退する。
2012年の世界。かつて、千尋の力を借りて死を偽装した後にレジスタンスを結成していた純一郎が基地から外に出ると、そこには宇宙人によって破壊されたはずの街並みが広がっていた。