スカブ・コーラルと呼ばれる珊瑚のような大地が地表を覆い、目に見えない未知の粒子トラパーの波が大気中を漂う、とある惑星。
その辺境の街ベルフォレストに住む14歳の少年レントン(CV: 三瓶由布子)にとって、世の中は「最悪」で満ちていた。彼の亡き父アドロックは教科書にも載るほどの世界的英雄。しかし、そんな父や失踪中の姉のことで級友にはからかわれ、空想を廻らせニヤニヤすればクラスの女子に「気持ち悪い」と囁かれる。そして英雄の息子らしからぬ成績の酷さに担任は頭を抱え、一緒に暮らす頑固者の祖父アクセルは家業の機械整備屋を継げと口うるさい。
そんな彼にとって唯一とも言える楽しみは、トラパーの波に乗って滑空する空中サーフィン、リフをすること。憧れの天才リフボーダー、ホランド(CV: 藤原啓治)の得意技カットバックドロップターンが自分にも出来る筈だと信じ、懲りずに日々チャレンジすること。しかし辺境の街にイイ波がくることもなく、練習してもなかなか上手くならない。付近で唯一のリフボード屋も街を去り、挙げ句にお気に入りのリフスポットは軍の演習場となり立ち入り禁止になる。
そんな最悪続きのある日の晩、突然見たこともないLFOが自宅に墜落しレントンの部屋を半壊させる。巨大なリフボードで滑空する人型機動メカ、LFO。その世界最古の機体 、ニルヴァーシュ type ZERO(通称・ニルヴァーシュ)の中から現れた神秘的な少女・エウレカ(CV: 名塚佳織)。整備工場を営むアクセルとレントンは機体の整備を引き受けるが、突如ミサイルが飛来し工場は大破、エウレカは応戦するためニルヴァーシュに乗り出撃してしまう。彼女は軍に反抗するカリスマアウトロー集団、ゲッコーステイトのメンバーだったのだ。
激しい空中戦が繰り広げられる中、祖父から託された拡張パーツ、アミタ・ドライヴをニルヴァーシュに届けるため、レントンはリフボードを握りしめエウレカへの想いとともに空へと飛び出して行く。
アミタ・ドライヴをセットオンすることで真に目覚めたニルヴァーシュはセブンスウェルと呼ばれるとてつもない力を発揮し、戦闘は収束した。
こうしてレントンは、ゲッコーステイトのリーダーであるホランドとエウレカの誘いを受け、旅立ちを決意する。やがて様々な出会いや経験を得て少年は成長し、その少年のひたむきさがエウレカ、ホランド、そして世界の運命を変えてゆく。
フィロソフィー・フィクションと銘打たれた物語。