周囲に関わろうとせず「傍観者」であることを望む中学2年生の少年・天野雪輝(CV: 富樫美鈴)は、見聞きした全てを携帯電話の日記に付けていた。友人と呼べるのは、時空王「デウス(CV: 若本規夫)・エクス・マキナ(CV: 若本規夫)」と彼の小間使い「ムルムル(CV: 本田愛美)」だけである。もっとも、これらは雪輝の空想のはずだった。
ところがある日、自分がまだ体験していないはずの未来が日記に書かれるようになる。それは空想のはずのデウスの仕業だったのだ。未来を知ることで調子に乗り、有頂天になる雪輝。しかしその後、同じように「未来日記」を持つ人間が自分を含め12人いることと、その12人による次期時空王の座をかけた殺し合いのサバイバルゲーム(内容的にはバトルロワイアル戦に等しい)が開かれていることを知る。
1st(CV: 富樫美鈴)となった雪輝はクラスメイトの我妻由乃(CV: 村田知沙)が同じく未来日記所有者の2nd(CV: 村田知沙)であること、自分に対する異常な偏愛を持ったストーカーであることを知る。彼女の協力を経て、連続殺人犯である日記所有者3rd(CV: 土門仁)火山高夫(CV: 土門仁)に殺される予知(DEAD END)を覆し撃退するが、この「奇跡を超える奇跡」により、雪輝は、他の日記所有者から命を狙われる事になる。そして、雪輝は、由乃や他の日記所有者、クラスメイトや警察官西島の協力を受けながら、この殺人ゲームに立ち向かっていく。