一年戦争が終結して3年、地球連邦軍再建計画に基づきガンダム開発計画が提唱され、その試作機であるガンダム試作1号機、ガンダム試作2号機が性能テストのためにオーストラリアのトリントン基地に搬入される。しかし、ジオン軍の残党がこの情報をつかんでおり、核兵器を搭載したガンダム試作2号機を強奪せんと基地を襲撃する。
かつて「ソロモンの悪夢」と呼ばれたジオン軍エースパイロット、アナベル(CV: 大塚明夫)・ガトー(CV: 大塚明夫)がガンダム試作2号機を強奪。だが、脱出を図る2号機の前に、連邦軍新米テストパイロット、コウ(CV: 堀川亮)・ウラキ(CV: 堀川亮)が乗り込んだガンダム試作1号機が立ちはだかる。しかし、ガンダム2号機は追撃を振り切り朝靄の彼方に消え去り、コウを含むテストパイロット達は、ガンダムを搬入した、ペガサス級強襲揚陸艦「アルビオン」とともに、その追撃任務に就く。
戦いの舞台は宇宙に移り、コンペイ島(旧ソロモン)宙域で地球連邦軍艦隊による観艦式が行われる。その艦列を、核弾頭を装備したガンダム試作2号機が襲撃、放たれた核の閃光に艦隊の半数が飲み込まれていく。だが、ガトーら「デラーズ・フリート」の真の狙いは別のところにあった。混乱の最中、「星の屑」はその正体を現す。