コズミック・イラ(C.E.)71年6月15日、大西洋連邦とオーブ連合首長国によるオノゴロ島の攻防戦の中、シン(CV: 鈴村健一)・アスカ(CV: 鈴村健一)はたった1発の砲弾で家族を失った。妹マユが落とした携帯電話を握り締め、シンは自らの非力さに絶望する。
その後、地球連合軍とザフト軍による大戦は、第二次ヤキン・ドゥーエ宙域戦、ユニウス条約の締結を経て、一応の停止を見た。しかし、争いの火種は消えることはなかった。
一年にも及ぶ戦争を停戦へと導いた英雄キラ(CV: 保志総一朗)はその後MS(モビルスーツ)を降り、共に戦い抜いたマリュー(CV: 三石琴乃)とバルトフェルド、恋人のラクス(CV: 田中理恵)と孤児たちと共に、オーブの僻地で静かな生活を送っていた。同じく、停戦に貢献した元ザフト軍人のアスラン(CV: 石田彰)はアレックスと名を変え、オーブ首相カガリ(CV: 進藤尚美)のパートナーとして公私をサポートしていた。
停戦から2年後、C.E.73年10月2日。プラント最高評議会議長ギルバート(CV: 野島健児)・デュランダル(CV: 池田秀一)との非公式会談の為、新造艦ミネルバの進水式の準備が進むL4 アーモリーワンを訪れたカガリとアスラン。だがその最中、ザフト軍が開発した新型MSカオス、ガイア、アビスが何者かに強奪され、周囲は混乱に陥る。これを阻止すべく、ミネルバからも新型機インパルスが出撃。そのパイロットは、プラントに渡りザフト軍に入隊したシンであった。
新型機を強奪した謎の部隊を追い、カガリとアスランを伴ったままミネルバは出撃する。だがそんな中、安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球に落下し始めたという報せが入る。それは、ナチュラルへの憎しみを募らせ続けるザフト脱走兵達の仕組んだものだった。しかし、この事件を利用しようと暗躍する者達も動き始め、世界は再び混乱と戦火に包まれるのだった。