マジカルゲート編
西暦2100年、世界はコンピューターネットワーク「ワールドリンク」によって結ばれていた。ワールドリンク上で世界中の子供達が交流できる仮想体験世界「マジカルゲート」に、悪性の自立コンピューターシステムデリトロス(CV: 立木文彦)が出現。機能の殆どを侵蝕し、ワールドリンク全体、ひいては人間世界をも消滅させようと企む。
マジカルゲートを守る防衛プログラム「ウェブナイト」の1人であるグラディオン(CV: 杉田智和)は自身とシンクロできる少年、「ウェブダイバー」結城ケント(CV: 小林由美子)と出会い、最高のパートナーであり親友ともなる彼と共に、洗脳されデリトロスの手先となったウェブナイトと戦い、マジカルゲートに閉じ込められた弟の結城カイトとクラスメイトとその他の子供達を救い、マジカルゲートの平和を取り戻すために戦っていく。
デリトロスゲート編
戦いを勝ち抜き、全てのウェブナイトを洗脳から解き放ったグラディオン。だがしかし、彼と仲間達は「デリトロスゲート」へと強制転送されてしまう。デリトロスの野望を阻止し、現実世界へと帰るため、ケントと仲間達は冒険の旅を続ける。戦いの果て、デリトロスの攻撃は百万年の過去から続く宇宙規模の侵略である事が明らかになり、現実世界をも巻き込む最終決戦へと繋がっていく。