中央線の人身事故というありふれたシチュエーションを発端としてストーリーが進む。
暗い性格で友達もいなかった楠本頼子(CV: 高橋美佳子)は、クラス一の秀才で美少女の柚木加菜子(CV: 戸松遥)に突然「私たちは互いが互いの生まれ変わりなんだ」と声をかけられる。始めは戸惑う頼子だったが、互いに孤独だった2人は親交を深め、2人で最終電車に乗って湖を見に行こうと約束する。しかし加菜子は中央線武蔵小金井駅のホームから何者かに突き落とされ、列車に轢かれてしまう。
たまたま勤務帰りの刑事・木場修太郎(CV: 関貴昭)がその列車に乗り合わせていた。木場は頼子と共に加奈子が運ばれた病院へ向かうが、そこへ女優・美波絹子こと加奈子の姉・柚木陽子(CV: 久川綾)と出会うことになる。「加菜子を救える可能性があるところを知っている」という姉の陽子の意志で、加菜子は謎の研究所に運ばれ、集中治療を受ける。
一方、小説家・関口巽(CV: 木内秀信)は稀代の新人小説家・久保竣公と出会う。そして雑誌記者・鳥口守彦と稀譚社社員・中禅寺敦子(CV: 桑島法子)と共に、武蔵野連続バラバラ殺人事件を追って道に迷い、とある「匣」のような建物と遭遇する。その建物こそ、加奈子が収容された研究所・美馬坂近代醫學研究所だった。
その後、厳戒態勢の中加奈子は謎の失踪を遂げ、脅迫文を陽子は受け取る。同じ頃、鳥口は「穢れ封じ御筥様」の調査を行っており、関口の紹介の下拝み屋・京極堂(CV: 平田広明)に相談を持ちかける。
バラバラ殺人と加奈子の誘拐、事件の裏に渦巻く「魍魎」とは何なのか。そして、京極堂の過去の秘密とは。