ある町を舞台にして起こる、不良として知られている主人公と、主人公が通う学園で出逢うヒロイン達との交流と成長の物語。学園について、ゲーム本編においては高等学校の課程にあることを特定できる描写はあるが、校名の描写はない。アニメ(劇場版・テレビアニメ)、『CLANNAD オフィシャルコミック』(みさき樹里作画)およびネットラジオでは、「私立光坂(ひかりざか)高等学校」という校名の描写がある。
高校生の主人公とヒロイン達との出来事を収めた学園編、高校を卒業した主人公のその後を描いたAFTER STORY、および本編の随所に挿入される幻想世界の3つのパートから成る。